Gli scavi condotti nel 1914 sull'Isola Comacina dall'archeologo Ugo Monneret riportarono alla luce i resti della basilica romanica di Sant'Eufemia.
Nel 1958 venne organizzata una vera Campagna di scavi archeologici: questo primo ciclo di ricerche dirette da Luigi Mario Belloni, potè essere realizzato grazie all'intervento della Soprintendenza alle Antichità per la Lombardia ed al personale interessamento del professore Mario Mirabella Roberti.

I risultati degli scavi non delusero l'aspettativa: dal 28 ottobre 1958 al 18 febbraio 1959 vennero riportate alla luce le aree di tre edifici religiosi in tre punti diversi dell'isola: una presso l'attuale oratorio di San Giovanni (San Giovanni con battistero), una seconda su di un ripiano più alto lungo il dorso dell'isola (Santa Maria col Portico) ed una terza sul pianoro superiore verso Sala, detto comunemente il Castello (San Pietro in Castello).
La seconda Campagna di scavi, diretta dal Belloni riportò alla luce nel 1962 sotto il pavimento dell'attuale oratorio i resti di un'altra chiesa romanica.